Volume horaire

CM	TD	TP	Terrain
10h	8h	6h	0 demi journées

Description de l'UE

Objectifs

Comprendre les concepts qui sous-tendent la construction d’hypothèses phylogénétiques et l’usage de la méthode comparative Etre capable de formuler des questions scientifiques et d'y répondre en utilisant les approches phylogénétiques moléculaires et la méthode comparative

Pré-requis

Biologie évolutive; génétique des populations

Contenu

Présentation détaillée des méthodes les plus efficaces de construction phylogénétique (parcimonie, distance évolutive, maximum de vraisemblance, inférence bayésienne) et de la méthode comparative (reconstruction des états ancestraux ; contrastes indépendants ; comparaisons de groupes-frères ; test de co-spéciation) ; illustration de l’application de ces approches aux questions d’écologie et de biologie évolutive. Mise en application des méthodes phylogénétique et comparative par l’utilisation des logiciels les plus courants et la réalisation d’un mini-projet.

Compétences

Utiliser les méthodes phylogénétiques afin de répondre à des questions d'écologie et d'évolution

Ouvrages de référence

Felsenstein J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer, USA Baum D, & S. Stacey. 2013. Tree thinking: an introduction to phylogenetic biology

Mots clef

Analyse phylogénétique, Méthode comparative, Phylogénies moléculaires

Contrôle des connaissances

Session 1
Coefficient	CC/CT	Type d'examen	Durée
40%	CC	Oral en groupe
60%	CT	Ecrit	2h00

Session 2
Coefficient	CC/CT	Type d'examen	Durée
60%	CT	Ecrit	2h

CC: contrôle continu, CT: contrôle terminal.

Les notes de CC de session 1 sont systématiquement conservées en session 2.