Ecologie microbienne et applications environnementales (EMBEA2IM)

6.0 crédits.

UE optionelle du second semestre.

Volume horaire

CM TD TP Terrain
28h 16h 16h 0 demi journées

Description de l'UE

Objectifs

Cet enseignement propose d'aborder les bases de l'écologie des micro-organismes des milieux naturels étendues à certains aspects de la microbiologie environnementale, et de présenter les principaux outils de l’écologie microbienne. Il s’adresse à des étudiants motivés par l’utilisation de concepts d’écologie microbienne et la pratique d’outils relevant de ce champ. Les connaissances acquises permettent de comprendre les relations entre la biodiversité microbienne d’un écosystème et les fonctions qu’elle y exprime. Le cours est structuré autour de diaporamas accessibles. Les TD permettent d’aborder les outils et concepts par des applications concrètes. Et les TP de caractériser la diversité phylogénique de communautés microbiennes naturelles.

Pré-requis

Connaissances générales en Microbiologie et Ecologie.

Contenu

Cours magistraux : Ecologie microbienne (i) phylogénie et approches moléculaires de la biodiversité microbienne, (ii) habitats microbiens et adaptations, interactions biotiques et réseaux microbiens, (iii) fonctionnalités microbiennes et cycles biogéochimiques (C, N, S, Fe, Mn), et (iv) quelques applications (efflorescences nuisibles, biofilms phototrophes, décomposition, mycorhizes, dépollution, …). Travaux Dirigés : Outils de l’écologie microbienne (i) techniques de prélèvement, culture et conservation, (ii) méthodes de détermination de la diversité microbienne, (iii) méthodes de cytométrie (microscopie), (iv) mesures de biomasse et d’activités microbiennes, et (v) isotopes stables et biomarqueurs lipidiques. Travaux Pratiques : Microbiologie moléculaire L’enseignement pratique comprendra l’analyse quantitative et qualitative d’échantillons provenant d’eaux naturelles et de station d’épuration et s'appuiera, en complément des travaux dirigés, sur l'analyse d'articles scientifiques.

Compétences

Acquérir des connaissances en Ecologie Microbienne pour comprendre les interactions structurelles et fonctionnelles au sein d’un écosystème. Caractériser la biodiversité de communautés microbiennes par différentes techniques moléculaires. Savoir utiliser les outils de l’écologie microbienne pour comprendre le rôle de la biodiversité dans différents environnements.

Ouvrages de référence

Biologie des micro-organismes (2007), Madigan & Martinko, Pearson Education, 1047 pages. Ecologie microbienne – Microbiologie des milieux naturels et anthropisés (2011), Bertrand et al., Presses universitaires UPPA, 1002 pages.

Mots clef

Micro-organismes, Environnement, Biodiversité, Fonctions métaboliques, Interactions microbiennes.

Contrôle des connaissances

Session 1
Coefficient CC/CT Type d'examen Durée
25% CC TP
75% CT Ecrit 3h00
Session 2
Coefficient CC/CT Type d'examen Durée
75% CT Ecrit 3h00

CC: contrôle continu, CT: contrôle terminal.

Les notes de CC de session 1 sont systématiquement conservées en session 2.